Hoàng Tử Bé xoay quanh cuộc sống của một cô bé và mẹ của mình. Khi chuẩn bị phải bước vào thế giới của người thì cô gặp gỡ và nói chuyện với người hàng xóm kì lạ - Ngài Phi Công. Mọi thứ gần như thay đổi hoàn toàn, Ngài Phi Công đã đưa cô bé vào một thế giới huyền bí nơi mà mọi việc đều có thể xảy ra. Thế giới đó cũng là nơi mà chính Ngài Phi Công cách đây nhiều năm đã gặp được Hoàng Tử Bé kì diệu.