Sau khi tên tội phạm Shredder trốn thoát, hắn gia nhập lực lượng với nhà khoa học điên Baxter Stockman (Tyler Perry) và hai tên tay sai ngu ngốc Bebop (Gary Anthony Williams) và Rocksteady (WWE Superstar Stephen "Sheamus" Farrelly),lập ra một kế hoạch độc ác để chiếm đoạt thế giới. Khi các ninja rùa chuẩn bị bắt Shredder cùng đồng bọn thì họ nhận ra mình phải đối mặt với một ác nhân khác có ý định tương tự: Krang.