Phong thuỷ, tướng số, thuật toán, dịch quẻ là các môn thần học rất được người Trung Hoa tin tưởng. Vận mệnh của 1 con người, 1 gia tộc, 1 đất nước có khi chỉ được quyết định bởi Phong thuỷ mà thôi. Bối cảnh của Vận Mệnh Thanh Triều được lấy vào những năm cuối thời nhà Thanh, nhân vật chính trong phim là chàng trai Hà Trùng (Hà Bửu Sinh), là một người kì dị có tài thiên phú về học thuật địa lý. Nhận được sự coi trọng của Liêm Bảo Sơn, cậu đã được lựa chọn vào cung để tìm kiếm một cái huyệt. Trong thời gian tìm kiếm, Hà Trùng thường xuyên bắt gặp cô gái xinh đẹp tên Từ Hy (Lương Tiểu Băng), nàng mới được tuyển chọn làm phi trong Triều. Tại đây, chàng chứng kiến nàng bị sỉ nhục đủ điều nên dần dần tỏ lòng trắc ẩn, thương xót cho số phận của nàng. Chàng bèn lợi dụng huyền học địa lý để giúp đỡ nàng, sửa đổi số mệnh cho nàng và từ đó bắt đầu gây ra mối họa trăm năm Thùy Liêm Thính diễn ra trong lịch sử Trung Quốc sau này.