Được cứu thoát khỏi thân thể Unit-01, cuối cùng Ikari Shinji đã tỉnh dậy nhưng không hề hay biết chuyện gì đã xảy ra đối với mình và với cả thế giới sau Chấn Động Thứ Ba. Mọi thứ trở nên xa lạ với cậu và những người cậu từng thân quen đã đổi khác và xem cậu như tội phạm chiến tranh. Shinji quyết định đi tìm câu giải đáp cho những gì đang diễn ra và bảo đảm rằng Ayanami Rei cũng đã được cứu khỏi Unit-01. Tuy nhiên tất cả lại tiếp tục trở nên khó hiểu hơn nữa khi Shinji bị cấm lái Eva và nơi cậu đang ở không còn là Trụ sở NERV...