Dị Nhân Bóng Tối xoay quanh hành trình trốn chạy và bảo vệ nhau của cặp anh em song sinh Joshua - Emma, khi bỗng một ngày Emma bộc phát năng lực đột biến, khiến cô trở thành mục tiêu săn đuổi của một tổ chức ngầm chuyên thí nghiệm về dị nhân. Trước sự truy lùng gắt gao của một những kẻ tàn bạo, Joshua sẽ phải bảo vệ em gái của mình như thế nào và liệu Emma có thể điều khiển được khả năng của mình như cô vẫn nghĩ hay không?