Học Viện Anh Hùng Của Tôi 5 kể về sau cuộc chiến với Chisaki Kai, các học sinh lớp 1A tiếp tục lộ trình học tập của mình. Họ cũng sẽ được huấn luyện bởi những anh hùng hàng đầu, từ đó chuẩn bị sẵn sàng cho sự kiện đen tối sắp tới.