Ngày xửa ngày xưa, một kẻ thù bí ẩn có tên là Unknown bất ngờ xuất hiện. Để đối phó với mối đe dọa này, "Cơ quan Phát triển Đường sắt Siêu Tiến hóa" đã phát triển "Shinkalion", một robot có thể biến hình thành tàu cao tốc.